Έχουμε ετοιμάσει το multiboot usb, αλλά για να έχει πρακτική σημασία θα πρέπει να προσθέσουμε iso αρχεία εκκίνησης. Πλέον είναι εύκολο αφού αρκεί να αντιγράψουμε τα αρχεία iso στον σωστό φάκελο.
Τα αρχεία iso που βάζουμε μέσα σε multiboot usb stick, είχαν δημιουργηθεί αρχικά για boot από cd/dvd. Το multiboot usb stick, για να μπορεί να προσομοιώνει την λειτουργία εκκίνησης ενός cd/dvd, θα πρέπει να έχει όλο το iso αρχείο σε ένα συνεχές μέρος αποθηκευμένο.
Γράφοντας και σβήνοντας στο usb stick, τα νέα αρχεία δεν βρίσκουν συνεχές χώρο εγγραφής. Κάθε φορά λοιπόν που θα αποθηκεύουμε ένα νέο iso αρχείο στο usb stick θα πρέπει να κάνουμε ανασυγκροτήση (defrag) ώστε τα αρχεία iso να παραμένουν σε συνεχές μέρος.
Έχουμε την δυνατότητα να φτιάξουμε ένα φάκελο στην ρίζα στο usb stick ώστε να βάζουμε και άλλα αρχεία στον ελεύθερό του χώρο και να το χρησιμοποιούμε όπως και πριν, προσέχοντας πάντα να μην σβήσουμε κανένα από τα σημαντικά αρχεία που έχει στην ρίζα.